Научно-исследовательские подразделения:
Отдел популяционной генетики
Лаборатория популяционной генетики зав. - д.б.н. Д.В. Политов
Лаборатория генетики человека зав. - д.б.н., доцент О.В. Жукова
Группа популяционной иммуногенетики гл. научн. сотрудник - д.б.н. И.Г. Удина
Отдел генетики животных
Лаборатория сравнительной генетики животных зав. - д.б.н. Ю.А. Столповский
Лаборатория генетики насекомых зав. – д.б.н. И.И. Горячева
Отдел генетики растений
Лаборатория генетики растений зав. – член-корр. РАН, д.б.н. А.М. Кудрявцев
Лаборатория генетических основ идентификации растений зав. – д.б.н. А.Ю. Драгович
Лаборатория молекулярно-генетических основ иммунитета растений зав. – д.б.н., доцент Т.И. Одинцова
Отдел генетической безопасности
Лаборатория экологической генетики зав. - д.б.н. А.В. Рубанович
Группа мутагенеза и репараций рук. - д.б.н., проф. С.К. Абилев
Отдел геномики и генетики человека
Лаборатория анализа генома зав. - д.б.н. С.А.Боринская
Лаборатория эволюционной геномики
Лаборатория геномной географии зав. - академик РАН, д.б.н., проф. Н.К. Янковский
Лаборатория цитогенетики зав. - д.б.н., проф. О.Л. Коломиец
Отдел генетических основ биотехнологии
Лаборатория генетики микроорганизмов зав.- д.б.н., проф. В.Н. Даниленко
Лаборатория генетических основ биоразнообразия зав. - д.б.н., проф. Д.В. Муха
Отдел генной инженерии и синтетической биологии
Лаборатория функциональной геномики зав. - к.б.н., доцент С.А. Брускин
Лаборатория генетического контроля устойчивости к стрессам зав. - д.б.н., Т.В. Комарова
Лаборатория ДНК-метилом и редактирования транскриптома зав. - д.б.н. А.Б. Шевелев
Лаборатория редактирования генома сельскохозяйственных растений зав. - д.б.н., проф. А.К. Гапоненко
Отдел генетических основ клеточных технологий
Лаборатория эпигенетики зав. – д.б.н., проф. С.Л. Киселев
Отдел системной биологии и биоинформатики
Лаборатория системной биологии и вычислительной генетики зав. - член-корр. РАН, д.ф-м.н. В.Ю. Макеев
Группа биоинформатики рук. – к.б.н. И.И. Артамонова
Отдельные научно-исследовательские подразделения
Лаборатория генетических проблем идентификации зав. - д.б.н., проф. Л.А. Животовский
Лаборатория неофункционализации генов зав. - д.б.н., проф. А.П. Козлов
ЦКП ОБН РАН "Генетический полиморфизм"
ЦКП "ЦЕНТР РЕДАКТИРОВАНИЯ ГЕНОМА СЕЛЬСКОХОЗЯЙСТВЕННЫХ РАСТЕНИЙ" рук. - к.б.н. С.А. Брускин
ЦКП «Генетическая коллекция линий насекомых и клеточных культур насекомых» при ИОГен РАН зав - д.б.н., член-корр РАН И.А. Захаров-Гезехус
Научно-вспомогательные подразделения
Отдел аспирантуры рук. - к.б.н. О.П. Лихнова
Отдел по международным научным связям
Научно-организационный отдел рук. - С.В. Гараева
Участок по обслуживанию лабораторных животных (виварий) рук. - С.В. Смирнова
Учебно-научный центр науч. рук. - д.б.н., проф. С.К. Абилев
Мемориальный музей-кабинет Н.И. Вавилова зав. - н.с. Т.Б. Авруцкая
Мемориальный музей-кабинет акад. Н.П. Дубинина зав. - н.с. Т.Б. Авруцкая
Санкт-Петербургский филиал ИОГен РАН
Директор филиала – д.б.н. А.П. Галкин
Административно-управленческий персонал филиала
Лаборатория генетики и биотехнологии растений зав. - д.б.н. А.В. Войлоков
Лаборатория генетического моделирования болезней человека зав. - д.б.н. А.П. Галкин
Лаборатория мутагенеза и генетической токсикологии зав. - к.б.н. Е.И. Степченкова